Kirikou is een klein jongetje dat wordt geboren in een dorp dat in de ban is van een boze heks. Mannen zijn er al bijna niet meer in het dorp. De dorpelingen denken dat de heks ze heeft opgegeten.
De heks zint op manieren om de kinderen in haar macht te krijgen. Kirikou is de allerkleinste. Maar hij is slim en bovendien is hij erg dapper.
De andere kinderen zijn niet zo waakzaam en gaan mee in de trucjes die de heks verzint om ze naar zich toe te lokken. Of ze nu een boot stuurt of een boom, Kirikou doorziet elke keer de bedoeling van de heks en weet de kinderen steeds weer op het nippertje te redden. Ook lukt het hem steeds op het juiste moment het juiste gereedschap in handen te krijgen om bijvoorbeeld de boor lek te steken of de boom om te hakken.
Helaas komt er geen water meer uit de bron. De dorpelingen denken dat de bron behekst is. De mensen in het dorp hebben bijna geen water meer. Kirikou ontdekt wat er met de bron aan de hand is.
Als hij er zelf niet uitkomt en niet weet hoe hij de kwaadaardige heks kan overwinnen, zoekt hij hulp bij een oude wijze man, zijn grootvader. De weg ernaartoe is al weer een avontuur op zich. Het is een spannende tocht door onderaardse gangen, waarbij hij niet ontdekt mag worden door de heks. Als hij weet wat de zwakke plek is van de heks, gaat hij op zijn eigen slimme manier de strijd met haar aan.